Perang telah menghancurkan Jepang sangat parah, dan Godzilla menambah bencana tersebut ke dalam jurang yang lebih dalam. Dua tahun telah berlalu sejak itu, dan negara telah menghadapi perjuangan yang menyakitkan untuk mencapai pemulihan dan akhirnya mendapatkan kembali kehidupan sehari-harinya. Saat umat manusia berhasil mempertahankan perdamaian yang diraih dengan susah payah, ancaman baru muncul, menghancurkan harapan dalam sekejap.